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年末調整の控除証明書をスマホで取得｜マイナポータル連携の準備

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年末調整、スマホで準備｜マイナポータル連携で控除証明書を探さない
目次

「あの保険の証明書、どこにしまったっけ」を、今年こそなくす

11月になると、会社から年末調整の書類一式が配られます。

生命保険の控除証明書、地震保険の証明書、iDeCoや国民年金の証明書……。郵送で届いたはがきや封筒を引き出しから探し出し、金額を書類に転記する。この作業を、毎年この時期だけ思い出しながらやっている方は多いのではないでしょうか。

結論からお伝えします。マイナンバーカードとスマホを使い、マイナポータル（政府が運営するオンラインサービス）と連携させておくと、これらの控除証明書のデータを一括で取得し、勤務先が使っている年末調整のシステムへそのまま反映できる場合があります。うまくいけば、はがきを探す作業そのものがなくなります。

ただし、これは「誰でも今すぐ全部スマホで終わる」という話ではありません。マイナンバーカードのパスワードが必要で、勤務先が対応していないと使えない部分があるうえ、保険会社によっては連携できないこともあります。この記事では、その前提から順番に説明します。

始める前に、まずこれだけ確認してください

マイナポータル連携を使うには、マイナンバーカードに設定した署名用電子証明書パスワード（英数字6〜16文字）が必要です。ふだん使うことが少ないパスワードなので、忘れている方も少なくありません。

署名用電子証明書パスワードは5回連続で間違えるとロックされます。 忘れている場合は、その場で作業を中断して再設定に出直すことになります。作業を始める前に、まず「このパスワードを覚えているかどうか」だけ確認してください。

  • 覚えている場合：そのまま次の章に進んでください。
  • 忘れている・分からない場合：利用者証明用電子証明書の暗証番号（数字4桁）が分かっていれば、スマホの「JPKI暗証番号リセット」アプリで予約したうえで、コンビニのキオスク端末（受付時間6:30〜23:00。セブン-イレブン・ローソン・ファミリーマートなど）から再設定できます。利用者証明用の暗証番号も分からない場合は、マイナンバーカードを持参して、住民票のある市区町村の窓口で再設定します（窓口では顔写真付きの本人確認書類が必要です）。勤務先の提出期限（多くは11月ごろ。会社により異なります）から逆算して、早めに済ませておきましょう（出典は記事末尾）。

準備するもの

  • マイナンバーカード（本体）
  • 署名用電子証明書パスワード（英数字6〜16文字）
  • 利用者証明用電子証明書のパスワード（数字4桁）
  • マイナンバーカードの読み取りに対応したスマートフォン、またはICカードリーダライタ
  • 勤務先の年末調整担当の連絡先（データ提出に対応しているか、事前に確認するため）

マイナポータルでの事前準備、大まかな流れ

事前準備は、証明書の種類が増えない限り最初の1回だけでよいとされています。マイナポータルにログインし、次のような流れで進みます。

1. マイナポータルにログインし、年末調整のメニューを選ぶ
2. 「年末調整の事前準備」を開始する
3. 取得したい控除証明書等の種類を選ぶ（生命保険料控除・地震保険料控除・社会保険料控除・小規模企業共済等掛金控除・住宅ローン控除など）
4. 証明書ごとの「連携状況リスト」で、発行元（保険会社等）との連携状態を確認する
5. 連携が済んでいない発行元については、案内に沿って個別に連携の手続きを行う

年末調整の準備の流れ：マイナポータル連携で控除証明書を取得し、勤務先へ提出するまでの3ステップと、勤務先・発行元が未対応の場合の分岐

この手順は2026年10月7日時点でマイナポータル公式の操作マニュアルをもとに書いています。画面のボタン名やメニューの配置は、時期や年分によって変わることがあります。実際に操作する際は、表示されている案内に沿って進めてください。

発行元によっては、連携の手続きを終えてからデータを取得できるようになるまで数日かかることがある、とも案内されています。提出期限の直前に慌てないよう、余裕を持って準備することをおすすめします。

国民年金の社会保険料控除証明書は、他の証明書と条件が異なります。 データを受け取るには、証明書の発行年の10月中旬までに、マイナポータルからねんきんネットの利用登録を済ませておく必要があると案内されています（出典は記事末尾）。11月に入ってからこの記事を読んで準備を始める場合、当年分は間に合わないことがあります。間に合わなかった場合は、ねんきんネットで証明書の再交付を申請するか、これまでどおり郵送で届く紙の控除証明書を使ってください。なお、電子データを受け取る対象になった方には、紙の控除証明書（はがき）は郵送されません（日本年金機構の案内・出典は記事末尾）。勤務先がデータでの提出に対応していない場合は、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」で、受け取ったデータから印刷できる証明書を作って提出してください（パソコンが必要です）。

「この保険会社、連携できるの？」を先に確認する

すべての保険会社・金融機関がマイナポータル連携に対応しているわけではありません。加入している保険会社が対応しているかどうかは、事前準備の中にある「連携状況リスト」の画面で確認できます。

自分が入っている保険が一覧に見当たらない、あるいは連携ができない場合は、その保険会社は現時点で非対応という可能性があります。その場合は、次の章のとおり、これまでどおり紙やPDFの証明書を用意することになります。

勤務先が対応していない場合は、従来どおりの証明書を用意する

マイナポータル連携で取得したデータを、勤務先の年末調整の手続きでそのまま使えるかどうかは、勤務先が採用しているシステムが、マイナポータル連携によるデータ提出に対応しているかどうかによって変わります。対応は会社ごとに異なります。

  • 勤務先が対応している場合：取得したデータを、勤務先の案内に沿って年末調整のシステム（国税庁が無償提供する「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア」や、それに対応した給与システムなど）に取り込みます。
  • 勤務先が対応していない場合：マイナポータルで取得したデータは、そのままでは年末調整の添付書類として使えません。 保険会社等から届く従来の証明書（はがき・電子発行のPDF等）を用意して提出するのが確実です。どうしても取得したデータを紙の証明書にしたい場合は、国税庁が提供する「QRコード付証明書等作成システム」（対応パソコン専用。スマートフォンは推奨環境外（パソコンでの利用が前提）です）で、QRコード付きの証明書に変換して印刷する方法があります（出典は記事末尾）。

先に勤務先の年末調整担当へ、マイナポータル連携によるデータ提出に対応しているかを確認してから準備を始めると、手戻りがありません。

確定申告・ふるさと納税との混同に注意

マイナポータル連携は、年末調整だけでなく確定申告でも使える仕組みです。ここで、似たしくみと混同しやすい点を整理しておきます。

  • ふるさと納税の寄附金控除は、年末調整では手続きできません。ワンストップ特例を使わない場合や、ワンストップ特例の条件に当てはまらない場合は、別途確定申告が必要です（ふるさと納税をスマホで行う際の注意点は、関連記事もあわせてご覧ください）。
  • 医療費控除も、年末調整の対象外です。こちらも確定申告が必要になります。

年末調整のマイナポータル連携は、あくまで生命保険料控除・地震保険料控除・社会保険料控除・住宅ローン控除（2年目以降。初年度は確定申告が必要です）など、勤務先経由で手続きできる範囲の話だと考えてください。

マイナポータルをかたる詐欺にも注意

年末調整の時期は、「マイナンバーカードの手続きが必要です」「証明書の確認はこちら」といった、公的機関を装った不審なSMSやメールが増える時期でもあります。

マイナポータルへは、必ず公式アプリか、ブックマークしておいた公式サイトから自分でアクセスしてください。メールやSMSに書かれたリンクからはアクセスしない、という基本の対策は、年末調整の時期こそ意識してください（スマホの詐欺対策全般については、関連記事もあわせてご覧ください）。

まとめ

1. 始める前に、署名用電子証明書パスワード（英数字6〜16文字）を覚えているか確認する。 忘れている場合は、コンビニのキオスク端末（利用者証明用暗証番号が分かる場合）か、市区町村窓口での再設定が必要になる。
2. マイナポータル連携が使えるかどうかは、勤務先の対応状況と、保険会社等の発行元の対応状況の両方で決まる。 どちらかが非対応なら、これまでどおりの証明書を用意する場面が残る。国民年金の証明書は10月中旬までのねんきんネット利用登録も条件になる。
3. 控除額の計算や申告内容そのものについては、この記事では判断しません。 不明な点は、勤務先の年末調整担当か、最寄りの税務署に確認してください。

今日の1アクション

まずはマイナンバーカードを取り出して、署名用電子証明書パスワードを覚えているかだけ確認してみましょう。覚えていなければ、勤務先の提出期限（多くは11月ごろ）から逆算して、コンビニでの再設定か市区町村窓口の予定を早めに立てておくと安心です。

あわせて読みたい

※本記事は2026年10月7日時点の公開情報をもとに作成しています。マイナポータル・国税庁の様式や画面は年分ごとに変更されることがあるため、実際の手続きの際は必ず公式サイトの最新の案内をご確認ください。
※控除額の計算や、ご自身の申告内容の判断については、この記事では取り扱っていません。詳しくは勤務先の年末調整担当、または税務署にご確認ください。
※本文中の一般的な事例は、特定の個人の体験ではなく一般化した内容です。

【AI利用について】本記事は、構成案の作成・本文の下書き・整合性の検証にAIを活用していますが、掲載内容は執筆者本人が確認し、責任を持って公開しています。

出典

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くらた

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